Śródmiejski odcinek Wartostrady od początku jest miejscem, w którym spodziewano się zalewania przez wezbraną rzekę. Właśnie dlatego obowiązują procedury związane m.in. z szybkim demontażem elementów infrastruktury w sytuacji możliwego zalania.
W ostatnim czasie Warta mocno wylewa – zalewa zarówno okoliczne tereny zielone, jak i ścieżkę pieszo-rowerową. Choć piesi już wybierają alternatywne trasy, to wciąż można spotkać rowerzystów, którzy przedzierają się przez wodę. Miasto zachęca, by wybierać inne trasy – ze względów bezpieczeństwa i wygody. Równolegle do śródmiejskiego odcinka Wartostrady prowadzi górny odcinek trasy, który jest przedłużenie ul. Ewangelickiej. Trasa między mostem św. Rocha a parkiem Stare Koryto Warty znajduje się na wzniesieniu, więc woda z rzeki tam nie dociera.
Wylała także Cybina w rejonie Bramy Poznania. Także tutaj możliwe jest wybranie drogi położonej wyżej, która będzie wygodniejszym wyborem.
Przejeżdżanie przez zalane fragmenty jest potencjalnie niebezpieczne – w przypadku upadku rowerzysta wpada do zimnej wody, przez co może doznać wstrząsu termicznego lub zachłysnąć się. Na drodze mogą znajdować się także przedmioty przyniesione przez rzekę, które mogą być słabo widoczne podczas jazdy – to może doprowadzić do wypadku, a w przypadku upadku, mogą zranić rowerzystę.
